הפדרציה תאפשר לצדדים לבחור על פי צרכיהם או רצונם באחת החלופות לניהול הליך הבוררות כפי שתובאנה להלן:
- בורר יחיד – הצדדים בוחרים את הבורר המועדף עליהם כמפורט בתקנון הפעילות לעיל ולהלן.
- בוררות זבל"א - "זה בורר לו אחד וזה בורר לו אחד". בוררות הנשענת על המקורות בתלמוד ומאפשרת לכל צד לבחור בורר. ההליך יתנהל כשכל צד יבחר לו בורר שייצג אותו ואת האינטרס שלו, ובמקרה שהסכסוך לא יבוא לידי סיום הפדרציה תמנה בורר שלישי שיכריע על בסיס המסמכים המובאים לפניו. לחילופין, ימונה הבורר השלישי שנבחר על ידי הצדדים בהסכם הבוררות.
- בוררות במותב של שלושה – הצדדים יחליטו על הרכב של 3 בוררים שידון בעניינם. הפדרציה לבוררות תפעל לאיתור הבוררים המתאימים ותעמיד לבחירה שני הרכבים.
- בוררות לפי דין תורה – בוררות על פי דיני ממונות בדין תורה.
- הליך בוררות מואץ – כמפורט בסעיף בתקנון הפעילות לעיל ולהלן.