גם בוררות וגם גישור הם הליכים ליישוב סכסוכים. עם זאת, יש הבדל מהותי ביניהם. הליך בוררות דומה במהותו להליך המתנהל בפני שופט. בהליך שיפוטי מביאים הצדדים את הסכסוך בפני שופט שיכריע ביניהם, וכך גם בהליך בוררות - הצדדים מביאים את הסכסוך בפני בורר שיכריע ביניהם. בהליך גישור, לעומת זאת, המגשר אינו בעל סמכות להכריע בסכסוך. תפקיד המגשר הוא להביא את הצדדים להסכמה על פתרון לסכסוך.
בהליך בוררות ההכרעה מתקבלת על ידי הבורר והצדדים מחוייבים לקבלה. לעומת זאת, בהליך גישור אין למגשר סמכות הכרעה. המגשר פועל להבאת הצדדים להסדר המוסכם עליהם. הצדדים הם שקובעים את ההסדר.
קיים הבדל בחובה של הצדדים להשתתף בהליך. מרגע שצד הסכים להעביר את ההליך לבוררות הוא אינו יכול לחזור בו מהסכמתו. בגישור לעומת זאת, תמיד קיימת האפשרות לעזוב את ההליך.
הליך בוררות דומה להליך שיפוטי ולכן אסור לבורר להפגש עם אחד הצדדים בנפרד, בהליך גישור לעומת זאת, האפשרות של המגשר להפגש עם הצדדים בנפרד היא מאבני היסוד של ההליך.