לאחר שהוחלט כי הסכסוך הנדון מתאים לקיום הליך בוררות, נציג הפדרציה לבוררות יפגש עם הצדדים ויחדיו מגיעים להסכמה על אופן הליך הבוררות.
הצדדים בוחרים את סוג הבוררות, אופן התנהלותו, זהות הבורר והגדרת זמנים לסיום ההליך. לאחר שמסכימים, חותמים הצדדים על הסכם בוררות. הפדרציה תגיש לצדדים עד 7 בוררים מוסמכים המתאימים ביותר להליך הבוררות, לאחר בדיקת התאמה ואי ניגוד אינטרסים. במידה ולא יסכימו הצדדים על בורר, תוגש רשימה נוספת של עד 5 בוררים מתאימים לבחירת הצדדים. במידה ועדיין לא יגיעו הצדדים להסכמה, יבחר בורר ע"י הפדרציה בהתאם להסכם הבוררות.