מועצת המנהלים אמונה על קביעת תקנון הפדרציה, נוהלי העבודה והפעילות השוטפת של הפדרציה לבוררות. מועצת המנהלים הינה הגוף המתווה מדיניות בכל הקשור להתנהלות הפדרציה החל בהתנהלות הבוררים הפועלים מטעם הפדרציה, הליכי הבוררות הנעשים בה, תשלומים, גבייה ואגרות, קביעת כללים ותקנות, וכלה במדיניות השירות ללקוחות. הנהלת הפדרציה קובעת תהליכי ביקורת ובקרה על הפעילות השוטפת של הפדרציה לבוררות.

באחריות מועצת המנהלים של הפדרציה לבוררות למנות נשיא לפדרציה, שיכהן לתקופה של 5 שנים. להנהלת הפדרציה הסמכות להחליף נשיא או להאריך את תקופת כהונת הנשיא, על פי קבלת הצעת רוב של חברי ההנהלה.

נשיא הפדרציה הינו אדם רם מעלה, בעל ניסיון עשיר בתחום המשפט והבנה מעמיקה של תחום הבוררות. נשיא הפדרציה, אמון על מינוי חברי הועדה לאישור בוררים וכן על מינוי בוררים וניהול רשימת הבוררים בערכאה שנייה. הרשימה לערכאה שנייה, תובא ע"י הנשיא לאישור מועצת המנהלים של הפדרציה לבוררות.

באחריות נשיא הפדרציה למנף את פעילות הפדרציה לבוררות בארץ ובחו"ל ע"י יצירת קשרים ושיתופי פעולה הדדיים והידוק קשרים בינלאומיים לצורך קידום בוררויות בינלאומיות ויצירת חיבורים עסקיים.

המנהל/ת הכללי/ת של הפדרציה לבוררות אמון על הניהול השוטף של כל הפעילות בפדרציה לבוררות, הוצאה לפועל של המדיניות שנקבעה ע"י מועצת המנהלים של הפדרציה.

הוועדה לאישור בוררים אמונה על מינוי בוררים העומדים בקריטריונים שנקבעו בתקנון הפדרציה לבוררות. הועדה תבחן כל מועמדות שהוגשה, ו/או תיזום פנייה לאנשים מתאימים על פי שיקול דעתה. לוועדה לאישור בוררים, הסמכות לאשר מינוי בורר גם אם לא עמד בכל תנאי הסף הנדרשים, בהתאם לשיקול דעתה הבלעדי ולהמלצות שיתקבלו על המועמד.

וועדת הביקורת אמונה על בחינה ופיקוח כל הליכי הבוררות שנעשים בפדרציה משלב מינוי בורר לתיק, ניהול הליך הבוררות, פסק הדין ועוד. עם קבלת פסק דין בתיק בוררות, יועבר התיק לביקורת הוועדה, לצורך פיקוח ובקרה על ניהול התיק והגורמים הרלוונטיים.

מבקר הפנים של הפדרציה לבוררות, אמון על ביקורת ופיקוח התנהלות הפדרציה בכל הקשור למנהל תקין, ניהול כספים, שירות לקוחות וכיוצ'ב. מבקר הפנים יבצע ביקורת שוטפת על תהליכי העבודה המתקיימים בפדרציה לבוררות ויגיש דוח אחת לשנה למועצת המנהלים של הפדרציה לצורך בחינת דרכים לייעול ושיפור מנהל תקין, כללים ותקנון הפדרציה.
מבקר הפנים ישמש כ"נציב תלונות" ללקוחות הפדרציה לבוררות.